Untuk menjalinkan persahabatan antara negara
Indonesia dengan negara
Singapura, kedua-dua negara telah menubuhkan
kedutaan di negara-negara satu sama lain sejak
7 September 1967. Menurut Edward Lee, bekas
Duta Besar Singapura untuk Indonesia yang habis tempoh perkhidmatannya pada tahun
2006, hubungan Indonesia dan Singapura selama ini selalu erat dan kuat, khususnya di bidang
pertahanan. Umpamanya,
Tentera Nasional Indonesia telah melindungi warganegara-warganegara Singapura di Indonesia semasa
Reformasi Mei 1998. Selain itu,
Angkatan Tentera Singapura telah membantu
tentera Indonesia untuk menyalurkan ubat-
ubat dan bantuan logistik ketika kejadian bencana
tsunami di
Aceh pada tahun
2004. Bagaimanapun usaha-usaha untuk bersetuju dengan sebuah
Perjanjian Kerjasama Pertahanan antara kedua-dua negara ini masih menghadapi masalah, walaupun kedua-dua ketua negara Indonesia dan Singapura, iaitu
Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan
Perdana Menteri Lee Hsien Loong, telah bermesyuarat pada bulan Oktober
2005. Kelewatan untuk memeterai perjanjian ini disebabkan oleh pertentangan pendapat terhadap pengendalian kawasan-kawasan latihan tentera, serta keinginan untuk memeterai perjanjian ini dengan satu perjanjian
serah balik antara kedua-dua negara. Indonesia juga menuduh Singapura kerana tidak setia terhadap Perjanjian ini disebabkan pelanggaran kedaulatan Indonesia ketika membenarkan
Amerika Syarikat dan
Australia mengambil bahagian dalam gerak latih tentera bersama Singapura.Walaupun demikian, gerak latih tentera bersama telah dilaksanakan oleh kedua-dua negara sejak tahun
2000. Gerak latih pertama yang digelarkan "MTA 1" telah diadakan di perairan
Tanjung Pinang, manakala gerak latihan kedua yang digelarkan "MTA 2" diadakan di
Laut China Selatan.